Комплексное управление Программой и распоряжение средствами республиканского бюджета осуществляет субъект бюджетного планирования - Министерство сельского хозяйства Республики Алтай.
Система управления реализацией Программы:
ответственным за реализацию Программы в целом, достижение целей, задач, индикаторов цели, показателей задач и мероприятий, утвержденных в Программе, является Министерство сельского хозяйства Республики Алтай;
координацию деятельности подразделений Министерства сельского хозяйства Республики Алтай, учреждений и организаций, участвующих в реализации Программы и их согласованные действия по реализации программных мероприятий, осуществляет Министерство сельского хозяйства Республики Алтай;
реализацию каждого мероприятия Программы и соответственно реализацию Программы осуществляет Министерство сельского хозяйства Республики Алтай;
финансирование программных мероприятий осуществляет Министерство сельского хозяйства Республики Алтай;
мониторинг реализации Программы осуществляет Министерство сельского хозяйства Республики Алтай;
ответственным за формирование отчетности о ходе реализации Программы является Министерство сельского хозяйства Республики Алтай.
Финансирование предусмотренных Программой мероприятий будет осуществляться в пределах средств республиканского бюджета, предусмотренных законом "О республиканском бюджете на 2011 год и на плановый период 2012 - 2013 годы" и последующие 2014 - 2020 годы Министерству сельского хозяйства Республики Алтай на соответствующие мероприятия. Составной частью механизма финансирования является выделение средств (субсидий) на запланированные мероприятия (кроме НИОКР).
Правовые основания расходных обязательств республиканского бюджета в финансировании обеспечения мероприятий Программы возникают в результате подписания соглашений между Министерством сельского хозяйства Республики Алтай и участниками Программы.