Государственный заказчик-координатор Программы управляет реализацией и реализует по вопросам своей компетенции мероприятия Программы, а также ежегодно уточняет показатели и размеры затрат на выполнение мероприятий Программы с учетом средств республиканского бюджета Республики Алтай.
Государственный заказчик-координатор и государственные заказчики несут ответственность за своевременную реализацию Программы, а также обеспечивают эффективное использование средств, выделяемых на ее реализацию, проводят мониторинг эффективности реализуемых мероприятий Программы, в установленном порядке подготавливают предложения по внесению изменений в перечень мероприятий Программы.
Исполнительные органы государственной власти Республики Алтай осуществляют оперативный контроль за исполнением мероприятий Программы по вопросам своей компетенции и представляют отчеты об их реализации в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай в соответствии с разделом VI Положения о порядке разработки, утверждения и реализации долгосрочных республиканских целевых программ, утвержденного постановлением Правительства Республики Алтай от 22 января 2009 года N 9.
Кроме того, общий контроль над ходом выполнения Программы осуществляется Инвестиционной комиссией Республики Алтай, образованной постановлением Правительства Республики Алтай от 31 декабря 2008 года N 284.