В рамках Минсельхозпрода действуют центральный аппарат. департаменты, управления. Структура Минсельхозпрода утверждается Правительством Республики Северная Осетия-Алания по представлению Министра сельского хозяйства и продовольствия, штатное расписание -Министром сельского хозяйства и продовольствия.
Финансирование центрального аппарата Минсельхозпрода осуществляется за счет средств республиканского бюджета и средств внебюджетных фондов.