Государственным заказчиком Программы является Правительство Республики Северная Осетия - Алания. Реализацию Программы в целом, обеспечение целей и задач, важнейших целевых показателей будет осуществлять Комитет Республики Северная Осетия - Алания по охране окружающей среды и природных ресурсов и его подведомственная организация Государственное бюджетное учреждение "Дирекция по выполнению природоохранных программ и экологического образования". Отчеты о ходе реализации Программы Правительству Республики Северная Осетия - Алания будет представлять Комитет Республики Северная Осетия - Алания по охране окружающей среды и природных ресурсов.
Организация контроля хода выполнения Программы будет соответствовать особенностям управления реализацией ее мероприятий, обеспечивать своевременное и полное их осуществление, включая мониторинг реализации, оценку результативности, подготовку отчетов о выполнении Программы.