Объем финансирования Программы составляет 15,0 млн. руб. в год. Основным источником финансирования Программы является статья "Наука" бюджета Республики Северная Осетия-Алания на соответствующий год.
Дополнительными источниками финансирования Программы могут являться финансовые средства, привлекаемые по Федеральной программе "Интеграция науки и высшего образования России на 2002-2006 годы", другим программам, и средства соответствующих отраслевых министерств и научных организаций.
В рамках Программы предполагается создание и отработка механизма финансовой поддержки инновационных научно-технологических проектов, а также перспективных НИОКР из бюджетных источников, а также других форм финансирования научно-инновационной деятельности на основе конкурса с приоритетом для социально значимых проектов, реализуемых на основе принципа возвратности.
Финансирование Программы осуществляется Министерством финансов Республики Северная Осетия-Алания через расчетный счет Владикавказского научного центра Российской академии наук и Правительства Республики Северная Осетия-Алания.