Государственным заказчиком Программы выступает Владикавказский научный центр Российской академии наук и Правительства Республики Северная Осетия-Алания.
Владикавказский научный центр Российской академии наук и Правительства Республики Северная Осетия-Алания ежегодно организует разработку конкретных проектов, представляемых в Программу в соответствии с распределением финансовых средств по направлениям и по годам Программы (табл.1), а также в соответствии с распределением финансовых средств на планируемый год по направлениям и по объектам Программы (табл.2).
Сводные материалы Программы рассматриваются и принимаются на совместном заседании Комиссии по инновационной политике при Правительстве Республики Северная Осетия-Алания и президиума Владикавказского научного центра Российской академии наук и Правительства Республики Северная Осетия-Алания
Владикавказский научный центр Российской академии наук и Правительства Республики Северная Осетия-Алания:
организует и координирует процесс разработки и реализации Программы,
представляет предложения по осуществлению Программы и ее финансированию в соответствующие министерства;
проводит при необходимости внешнюю экспертизу;
заключает договоры с исполнителями, ведет соответствующую документацию (проектную, отчетную и т.д.), координирует и контролирует ход осуществления мероприятий Программы;
разрабатывает предложения по совершенствованию механизмов реализации Программы;
проводит консультации вузам республики по разработке и представлению проектов Программы для включения их в Федеральную целевую программу "Интеграция науки и высшего образования России на 2002-2006 годы";
докладывает Правительству Республики Северная Осетия-Алания о выполнении Программы.
Государственные вузы, научные организации и предприятия - участники Программы:
разрабатывают и реализуют научные и инновационные работы и проекты, направленные на решение социально-экономических задач развития Республики Северная Осетия-Алания;
обеспечивают первичную экспертизу и отбор работ и проектов, осуществляемых в рамках Программы;
формируют временные творческие коллективы для выполнения работ и реализации проектов;
обеспечивают целевое использование финансовых средств;
контролируют ход выполнения работ и проектов, предоставляют соответствующую информацию, промежуточные и окончательные отчеты в Владикавказский научный центр Российской академии наук и Правительства Республики Северная Осетия-Алания.