1. Аппарат Министра - 5 чел.
2. Отдел организационно - административного, правового и кадрового обеспечения - 6 чел.
3. Финансово-бухгалтерский отдел - 5 чел.
4. Отдел платежей, экономики и планирования охраны окружающей среды - 5 чел.
5. Отдел экологической экспертизы и госэкоконтроля строящихся объектов - 6 чел.
6. Отдел нормирования, лицензирования и госэкоконтроля лицензионных условий - 4 чел.
7. Отдел госэкоконтроля охраны окружающей среды предприятиями промышленности и транспорта - 6 чел.
8. Отдел госэкоконтроля охраны окружающей среды предприятиями сельского хозяйства и горнодобывающей отрасли - 4 чел.
9. Отдел госэкоконтроля охраны окружающей среды от загрязнения отходами производства и потребления - 4 чел.
10. Отдел госэкоконтроля за сохранением биологического разнообразия растительного и животного мира - 6 чел.
11. Отдел госэкоконтроля спецобъектов - 5 чел.
П. Производственный персонал (финансируемый из федерального бюджета) - 40 человек, в том числе:
1. Специализированная инспекция мониторинга источников загрязнения - 12 чел.
2. Отдел хозяйственного и транспортного обеспечения - 28 чел.
III. Аппарат управления (финансируемый из республиканского бюджета) - 38 чел, в том числе:
1. Отдел охраны окружающей среды от загрязнения нефтепродуктами - 4 чел.
2. Межрайонные комитеты по охране природы - 21 чел, в том числе:
Левобережный - 9 чел.
Правобережный - 6 чел.
Верхнетерский - 6 чел.
3. Республиканский Центр экологической информатизации - 13 чел.
IV. Производственный персонал (финансируемый из республиканского бюджета) - 4 чел, в том числе:
1. Государственная инспекция по маломерным судам - 4 чел.