Руководство реализацией Программы осуществляет Министерство образования и науки Республики Северная Осетия - Алания, являющееся государственным заказчиком - координатором Программы. Государственный заказчик-координатор Программы определяет промежуточные и итоговые результаты её реализации, готовит предложения по оптимизации порядка выполнения, включению, исключению и корректировке содержания отдельных мероприятий, уточняет целевые показатели, осуществляет общее руководство выполнением программных мероприятий и контроль её реализации, а также определяет приоритетные первоочередные направления финансирования Программы. План реализации основных программных мероприятий утверждается Министром образования и науки Республики Северная Осетия - Алания.
Исполнители программных мероприятий ежегодно представляют в Министерство образования и науки Республики Северная Осетия - Алания информацию о выполнении мероприятий и эффективности использования выделенных средств.
Министерство образования и науки Республики Северная Осетия - Алания ежегодно представляет в Правительство Республики Северная Осетия - Алания систематизированную, обобщенную информацию о ходе реализации Программы.