В состав центрального аппарата Министерства входят Департамент социальной защиты населения, Департамент охраны здоровья населения, ведающие организацией деятельности основных подотраслей социальной защиты охраны здоровья населения, и соответствующие функциональные подразделения.
Департаменты образуются решениями Правительства Республики Северная Осетия-Алания.
Руководители департаментов являются первыми заместителями Министра и назначаются в установленном порядке.
В систему Министерства социальной защиты и охраны здоровья населения помимо центрального аппарата, входят подведомственные республиканские учреждения.