Контроль за выполнением Программы "Развитие мелиорации сельскохозяйственных земель Республики Северная Осетия-Алания на период до 2020 года" осуществляет Правительство Республики Северная Осетия-Алания.
Система контроля предусматривает представление Министерством сельского хозяйства и продовольствия Республики Северная Осетия-Алания ежегодной отчетности о реализации мероприятий Программы в Правительство Республики Северная Осетия-Алания и Министерство сельского хозяйства Российской Федерации.