Государственным заказчиком Программы является Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Северная Осетия - Алания, которое организует ее выполнение совместно с Министерством экономического развития Республики Северная Осетия - Алания, ФГУ "Станция агрохимической службы "Северо-Осетинская", ФГУ "Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Республике Северная Осетия - Алания", Комитетом Республики Северная Осетия - Алания по охране окружающей среды и природных ресурсов, Северо-Кавказским научно-исследовательским институтом горного и предгорного сельского хозяйства, Горским государственным аграрным университетом.
Организационное обеспечение Программы предусматривает реализацию намеченных мероприятий через исполнительные органы муниципальных образований республики, соблюдение научно обоснованных систем земледелия и ландшафтное землеустройство в каждой зоне республики.
Главным результатом применения системы земледелия является обеспечение повышения плодородия почв и высоких экономических показателей. Предусматриваются мероприятия по нейтрализации неблагоприятных воздействий на почву, комплекс мер по оптимизации внутрипочвенных процессов, способствующих повышению почвенного плодородия и продуктивности растений, совершенствование зональных научнообоснованных систем земледелия, проектирование и по необходимости введение севооборотов, обеспечивающих защиту почв от эрозии и повышение плодородия почв.
Непосредственная реализация землепользователями и собственниками земель предусмотренных Программой мероприятий по сохранению и повышению плодородия почв осуществляется по заказу Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Северная Осетия - Алания на основе утвержденных проектов землеустройства и применения средств химизации.
Координирующим органом выполнения Программы является Межведомственный консультативный совет по контролю реализации Республиканской целевой Программы "Сохранение и восстановление плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения и агроландшафтов Республики Северная Осетия - Алания на 2011-2015 годы".