Источником финансирования Комитета являются: бюджетные средства, используемые на финансирование деятельности работников аппарата Комитета; внебюджетные средства, полученные от сертификации и лицензирования деятельности санаторно-курортных и туристско-экскурсионных предприятий, используются на финансирование структурных подразделений Комитета: выплату заработной платы, надбавок, материального поощрения, дотации на питание, текущие и представительские расходы, развитие материально-технической базы, а также на развитие курортов и туризма в республике.
Средства, полученные дополнительно Комитетом в ходе исполнения бюджетных и внебюджетных средств, а также образующиеся в результате экономии остаются в распоряжении Комитета, изъятию не подлежат и используются по его усмотрению (дополнительные льготы и пособия, согласно действующему законодательству для работников Комитета, беспроцентные ссуды, представительские расходы и на иные, не запрещенные законом цели и мероприятия);
- проверка финансовой и хозяйственной деятельности Комитета осуществляется государственными органами, согласно действующему законодательству,
- внутренний контроль за состоянием финансово-хозяйственной деятельности Комитета осуществляется комиссиями в пределах их компетенции, персональный состав и Положение о комиссиях утверждается приказом председателя Комитета;
- бухгалтерский учет и отчетность в Комитете ведутся самостоятельно в порядке, установленном действующим законодательством.