Программа финансируется за счет средств республиканского бюджета Республики Коми и средств сельскохозяйственных товаропроизводителей.
Финансирование мероприятий Программы из республиканского бюджета Республики Коми осуществляется через Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Коми, которое содействует их обеспечению финансовыми средствами в пределах бюджетного финансирования, а также привлекает иные источники (в том числе средства местных бюджетов по согласованию с органами местного самоуправления).