Программа построена с учетом некоммерческого характера деятельности заповедника, а также экономического положения в республике, по принципу минимальной достаточности, обеспечивающей возможность функционирования заповедника в соответствии с целями и задачами его создания.
Финансирование Программы предусматривается из республиканского бюджета Республики Коми и внебюджетного государственного экологического фонда Республики Коми в соответствии со статьями Федеральной целевой программы государственной поддержки государственных природных заповедников и национальных парков на период до 2000 года.
Затраты на реализацию Программы составят 1427,9 млн. рублей (в ценах 1 квартала 1996 г.), в том числе:
1261,9 млн. рублей - из республиканского бюджета Республики Коми;
166 млн. рублей - из внебюджетного государственного экологического фонда Республики Коми.
При этом наиболее ресурсоемкими являются первые два года выполнения Программы, как годы вывода заповедника из кризисного состояния и стабилизации его деятельности (1997-1998 годы) - 1008,9 млн. рублей, в том числе:
885,9 млн. рублей - из республиканского бюджета Республики Коми;
123 млн. рублей - из внебюджетного государственного экологического фонда Республики Коми.