Государственным заказчиком Программы является Администрация Главы Республики Коми. Координация работы по выполнению Программы осуществляется общественной редколлегией республиканского мартиролога "Покаяние".
Реализация отдельных программных мероприятий осуществляется на конкурсной основе. Для выполнения мероприятий Программы на договорных условиях могут быть привлечены различные научные и творческие организации, преподаватели и научные работники, созданы временные творческие коллективы.
С учетом складывающейся социально-экономической ситуации в республике общественная редколлегия республиканского мартиролога "Покаяние" вносит в установленном порядке предложения по уточнению мероприятий Программы.
Реализация Программы, включая сбор, анализ и обобщение материалов, организацию работы творческих групп, сбор информации о ходе выполнения Программы, подготовку материалов для сводных отчетов, осуществляется рабочей группой.
Оказание муниципальным образованиям финансовой поддержки за счет средств республиканского бюджета Республики Коми на организацию мероприятий по реализации Программы планируется осуществлять только при наличии утвержденных общественной редколлегией республиканского мартиролога "Покаяние" смет и программ по их реализации.
Ежегодно общественная редколлегия республиканского мартиролога "Покаяние" формирует пакет предложений и представляет в Администрацию Главы Республики Коми.
При необходимости по согласованию с Министерством финансов Республики Коми уточняются целевые показатели, в том числе включение и исключение отдельных мероприятий, их финансирование, состав исполнителей, механизм реализации. Ежегодно до 20 декабря общественная редколлегия республиканского мартиролога "Покаяние" направляет в Администрацию Главы Республики Коми доклад о ходе выполнения Программы и эффективности использования финансовых средств.