Программа предусматривает комплексное развитие всех отраслей и подотраслей, сфер деятельности агропромышленного комплекса. Одновременно выделяются два уровня приоритетов.
К первому уровню приоритетов относятся:
в сфере производства - овощеводство, плодоводство, виноградарство как обеспечивающие устойчивость в целом агропромышленного комплекса и в значительной мере экономики республики;
скотоводство (производство молока и мяса) как системообразующая подотрасль, использующая наличие значительных площадей сельскохозяйственных угодий;
в социальной сфере - устойчивое развитие сельских территорий в качестве непременного условия сохранения трудовых ресурсов;
в сфере развития производственного потенциала - мелиорация земель сельскохозяйственного назначения, введение в оборот неиспользуемой пашни и других категорий сельскохозяйственных угодий;
в экономической сфере - повышение доходов сельскохозяйственных товаропроизводителей как условие перехода к инновационной модели развития агропромышленного комплекса;
в институциональной сфере - развитие кооперации, интеграционных связей в агропромышленном комплексе и формирование продуктовых подкомплексов, территориальных кластеров;
в научной и кадровой сферах - обеспечение формирования инновационного агропромышленного комплекса.
Ко второму уровню приоритетов относятся:
развитие зернового подкомплекса;
обеспечение животноводства растительным кормовым белком;
обеспечение экологической безопасности сельскохозяйственной продукции и продовольствия;
наращивание вывоза сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия по мере насыщения ими внутреннего рынка республики;
минимизация логистических издержек и оптимизация других факторов, определяющих конкурентоспособность продукции с учетом рационального размещения и специализации сельскохозяйственного производства и пищевой промышленности по зонам республики.