Финансирование Программы осуществляется на протяжении всего срока реализации с дифференциацией по годам с учетом последовательности реализации мероприятий Программы.
Основными направлениями расходования бюджетных и внебюджетных средств являются: содержание маточного поголовья племенных лошадей по системе "кобыла-жеребенок"; приобретение племенного молодняка лошадей;
приобретение специальных транспортных средств для перевозки племенных лошадей; укрепление кормовой базы, улучшение ветеринарного обслуживания коневодства; укрепление материально-технической базы племенного коневодства, модернизация, реконструкция конюшен, приобретение специального оборудования; реконструкция и модернизация государственной заводской конюшни; строительство кормохранилищ с активным вентилированием и ветлазаретов; предоставление субсидий на возмещение части затрат на уплату процентов по кредитам и займам, организация и проведение выставок племенных лошадей и организация проверок жеребцов-производителей; подготовка, переподготовка и повышение квалификации кадров в области коневодства; субсидирование затрат на реализацию инвестиционного проекта по строительству ипподромного комплекса в г. Махачкале; научно-исследовательские работы по селекции и технологии в племенном коневодстве.
Объем средств, необходимых на реализацию запланированных мероприятий Программы, рассчитывался исходя из анализа инвестиционных проектов по развитию коневодства в Республике Дагестан, сложившихся цен на племенной молодняк лошадей, специальные транспортные средства для перевозки племенных лошадей, стоимости ветпрепаратов, расходов на создание кормовой базы для коневодства, экспертных оценок капитальных вложений на строительство, реконструкцию и модернизацию конюшен, кормохранилищ и других объектов, стоимости подготовки кадров в области коневодства и научно-исследовательских работ по селекции и технологии в племенном коневодстве.