Организацию и управление всем комплексом работ по реализации Программы осуществляет Дагпредпринимательство, являющееся государственным заказчиком Программы.
Дагпредпринимательство является главным распорядителем средств республиканского бюджета Республики Дагестан, выделяемых на реализацию Программы.
Дагпредпринимательство реализует функции государственного заказчика Программы во взаимодействии с заинтересованными органами исполнительной власти республики и по мере необходимости готовит предложения по корректировке перечня программных мероприятий в установленном порядке.
Дагпредпринимательство ежеквартально в течение срока действия Программы представляет в Правительство Республики Дагестан и Министерство экономики Республики Дагестан отчеты о ходе выполнения программных мероприятий.
По мероприятиям, предусматривающим финансирование за счет средств федерального бюджета, Дагпредпринимательство подготавливает проекты соглашений (договоров) с федеральными органами исполнительной власти, организациями, подписывает их от имени Правительства Республики Дагестан.
Отбор исполнителей мероприятий Программы осуществляет Дагпредпринимательство на конкурсной основе в соответствии с Федеральным законом "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд".
Дагпредпринимательство организует работу исполнителей Программы, заключает с ними договоры на выполнение конкретных программных мероприятий, осуществляет контроль за выполнением работ и эффективным использованием средств, выделяемых на их реализацию.
Ход выполнения мероприятий Программы регулярно рассматривается на заседаниях Межведомственной комиссии по вопросам государственной поддержки и развития малого и среднего предпринимательства в Республике Дагестан и расширенных заседаниях коллегии Дагпредпринимательства.