Реализация Программы осуществляется за счет средств федерального бюджета, республиканского бюджета Республики Дагестан и внебюджетных
источников.
Расчет объемов финансирования на реконструкцию, строительство и техническое перевооружение по источникам финансирования осуществлен на долевой основе исходя из соотношения: по межхозяйственной сети - 30:30:40, по внутрихозяйственной сети – 50:20:30 соответственно средства из федерального бюджета, республиканского бюджета Республики Дагестан и внебюджетных источников.
Финансирование агролесомелиоративных мероприятий, рекультивация опустыненных и нарушенных земель на Кизлярских пастбищах, а также обводнение Кизлярских пастбищ осуществляется за счет средств федерального бюджета, субсидирование капитально-восстановительного планирования орошаемых земель (ставка 15000 руб./гектар) - за счет средств республиканского бюджета Республики Дагестан, противопаводковых мероприятий – исходя из соотношения 13:37:50, субсидирование мелиоративных мероприятий на рыбохозяйственных водоемах – 13:40:47, субсидирование затрат на приобретение минеральных удобрений – 17:4:79, из республиканского бюджета Республики Дагестан предусматривается 30-процентное субсидирование затрат на электроэнергию, используемую межхозяйственными насосными станциями на орошение, 70 проц. затрат оплачивается из федерального бюджета за счет ежегодных текущих платежей, выделяемых балансодержателю федеральной собственности в Республике Дагестан. Субсидирование электроэнергии внутрихозяйственными насосными станциями осуществляется из республиканского бюджета Республики Дагестан.