Основной принцип управления Республиканской целевой программой по ликвидации аварийного и ветхого жилищного фонда состоит в том, чтобы перераспределять ресурсы, предусмотренные на реализацию республиканской целевой программы, в соответствующие муниципальные программы исходя из имеющихся целевых установок по развитию муниципальных образований и экономической эффективности, представляемых муниципалитетами программ переселения граждан из ветхого и аварийного жилищного фонда.
Функции по управлению Республиканской целевой программой осуществляет Министерство ЖКХ РД, согласовывая финансовые, производственные и технические аспекты задачи с Министерством экономики РД и Министерством финансов РД. Основная задача Министерства ЖКХ РД состоит в том, чтобы провести отбор муниципальных проектов, исходя из объемов требуемых финансовых ресурсов, сроков окупаемости и ожидаемой прибыльности, а также осуществить их финансово-экономическую экспертизу. При этом разрабатываются процедуры, которые позволяли бы обеспечить возможность конкуренции муниципальных программ за финансовые ресурсы Республиканской целевой программы и прозрачную процедуру принятия решений по распределению бюджетных средств на их реализацию.
Механизмом распределения средств Республиканской целевой программы будет являться их распределение пропорционально объему привлеченных муниципалитетами внебюджетных источников, а также средств самих муниципальных бюджетов, направляемых на финансирование данного проекта. Алгоритм распределения средств Республиканской целевой программы должен выглядеть следующим образом. В рамках Республиканской целевой программы ликвидации ветхого и аварийного жилищного фонда выделяются отдельные подпрограммы (программы муниципальных образований) с указанием источников их финансирования (средства муниципального бюджета, привлеченные внебюджетные средства и т. д.). Для каждой из подпрограмм определяется абсолютная величина финансовых ресурсов, запрашиваемых из Республиканской целевой программы, а также соотношение запрашиваемых средств к общей стоимости реализации данной подпрограммы. Одновременно с процедурой распределения денежных средств Республиканской целевой программы осуществляется контроль (мониторинг) за целевым использованием полученных бюджетных средств. Данные мониторинга используются при принятии решений о распределении денежных средств в следующем отчетном периоде. Задача мониторинга состоит в том, чтобы отслеживать на что, в каком объеме и в рамках каких процедур расходуются финансовые ресурсы, полученные из Республиканской целевой программы в рамках реализации муниципальных программ.