Руководство (председатель и его заместители)
Отдел по взаимодействию с религиозными организациями и религиозными учебными заведениями
Отдел по взаимодействию с государственными органами власти и муниципальными образованиями
Информационно-аналитический отдел
Отдел финансов и административного хозяйствования.