Руководство (министр, первый заместитель, заместители министра)
Управление экономики и финансов
Управление растениеводства
Управление животноводства и племенного дела
Управление технической политики, мелиорации, социального развития, гражданской обороны и чрезвычайных ситуаций
Управление кадровой политики, образования, науки, внешнеэкономических связей и по связям с общественностью
Управление делами
Департамент пищевой и перерабатывающей промышленности
Департамент рыбного хозяйства
Административно-аналитический отдел
Отдел бухгалтерского учета и отчетности
Отдел контрольно-ревизионной работы