Управление реализацией Программы осуществляет Министерство сельского хозяйства и продовольствия РД, являющееся государственным заказчиком-координатором Программы.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия РД:
обеспечивает согласованность действий по подготовке и реализации программных мероприятий, целевому и эффективному использованию средств федерального и республиканского РД бюджетов, выполнению соглашений с администрациями районов о финансировании программных мероприятий за счет средств местных бюджетов и внебюджетных источников;
осуществляет взаимодействие с государственными заказчиками, ответственными за выполнение программных мероприятий.
Ежегодно государственный заказчик-координатор Программы представляет в установленные сроки в Правительство Республики Дагестан и Министерство сельского хозяйства Российской Федерации отчет о ходе реализации Программы.