Государственный заказчик Программы осуществляет управление выполнением Программы, обеспечение необходимого научно-технического уровня ее основных мероприятий и контроль за реализацией.
Государственный заказчик осуществляет реализацию Программы на основе контрактов (договоров) на проведение работ, заключаемых со всеми исполнителями работ на конкурсной основе. С учетом выделенных ресурсов на реализацию Программы государственный заказчик ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям.
Минэкономики РД совместно с Минфином РД и с участием государственного заказчика Программы организует экспертные проверки хода реализации Программы.
Государственный заказчик ежеквартально представляет отчеты о выполнении Программы в Правительство РД, Территориальный орган Госкомстата РФ по РД, Минэкономики РД и Минфин РД.