Основными задачами секретариата являются:
- координация деятельности исполнительных органов государственной власти области и структурных подразделений аппарата Правительства области по подготовке материалов для организационного и информационного обеспечения исполнения полномочий Губернатором Ярославской области;
- обеспечение взаимодействия Губернатора области с Администрацией Президента Российской Федерации, Правительством Российской Федерации, структурными подразделениями аппарата Правительства области, органами государственной власти области, федеральными органами государственной власти, территориальными органами федеральных органов государственной власти, органами местного самоуправления муниципальных образований области по вопросам реализации Губернатором области своих полномочий.