Уступая железнодорожному в провозной способности, автомобильный транспорт имеет существенное преимущество - доставляет грузы и пассажиров непосредственно до места назначения. Наиболее благоустроенной на территории области является автодорога федерального значения "Холмогоры" (М-8) с подъездом к г. Костроме. Направление Москва - Ярославль - Вологда - Архангельск является ответвлением евроазиатского коридора "Север-Юг". Подпрограмма "Автомобильные дороги" федеральной целевой программы "Модернизация транспортной системы России", предусматривающая ремонт и содержание автомобильных дорог федерального значения на 2006 - 2010 годы, сосредоточена на реализации следующих мероприятий:
- работы по содержанию автомобильных дорог федерального значения и искусственных сооружений на них;
- работы по ремонту автомобильных дорог федерального значения и искусственных сооружений на них, направленной на переустройство мест концентрации дорожно-транспортных происшествий;
- работы по ремонту искусственных сооружений, находящихся в аварийном состоянии;
- специализированных программ дорожных работ, направленных на повышение безопасности движения на автомобильных дорогах федерального значения, включая программы разметки проезжей части, установки дорожных ограждений современных типов, устройства освещения участков дорог повышенной опасности, устройства пешеходных переходов в разных уровнях и другие;
- работы по капитальному ремонту автомобильных дорог федерального значения и искусственных сооружений на них с концентрацией ресурсов на наиболее важных направлениях, в том числе на автомобильных дорогах М-10 "Россия", М-5 "Урал", М-7 "Волга", М-4 "Дон", М-8 "Холмогоры" и Пермь - Екатеринбург - Тюмень, за счёт существенного снижения темпов или прекращения работ на других направлениях.
Планы работы Управления автомобильной магистрали Москва-Архангельск на период до 2010 года предусматривают ремонт, реконструкцию и капитальный ремонт участков федеральной дороги общей протяжённостью 123,25 километра, капитальный ремонт мостового перехода через
р. Тоймина и строительство второго пускового комплекса транспортной развязки на автодороге М-8 "Холмогоры" км 273. Повышение технической категории участков автодороги "Холмогоры" до 2010 года не предусматривается.
В настоящее время разрабатывается обоснование инвестиций на участок автодороги "подъезд к г. Костроме от М-8 "Холмогоры" км 0+000 - 56+500". В период 2007-2008 годов управлением автомобильной магистрали "Москва - Нижний Новгород" не предусмотрен капитальный ремонт на вышеуказанном участке.
Интенсивность движения на участках автодорожной сети областного подчинения во много раз ниже, чем на федеральных дорогах. Даже самые загруженные участки областной сети ниже федеральных в 2-3 раза. За последние десять лет (с 1995 по 2004 год) объём грузов, отправляемых областью всеми видами транспорта, сократился с 73 до 46 млн. тонн, а объём грузов, перевозимый автомобильным транспортом, сократился с 52 до 21 млн. тонн. При этом парк грузовых автомобилей за тот же период вырос в 1,8 раза, а дальность перевозок в среднем по области увеличилась с 24 км до 42 км. Доля автотранспорта в перевозке грузов, отправляемых областью, упала за десять лет с 71% до 46% (для сравнения: доля железнодорожного транспорта увеличилась с 19% до 37%). Это говорит о том, что при перевозке грузов на дальние расстояния предпочтение отдаётся железнодорожному транспорту. В среднем по области грузооборот, приходящийся на один грузовой автомобиль, за десять лет сократился с 47,5 тыс. тонн до 18,7 тыс. тонн. Средневзвешенная грузонапряжённость автодорожной сети области также снизилась со 150 тыс. тонн в 1995 году до 110 тыс. тонн в 2004 году. На всех участках дорожной сети области доля легкового транспорта превышает долю грузового, часто в несколько раз. Например, на автодороге Ярославль - Рыбинск (г. Тутаев, пост ГАИ) количество легковых автомобилей в потоке превышает количество грузовых в три раза. По данным департамента дорожного хозяйства Ярославской области, 81% автодорог области имеет уровень загрузки ниже нормативного (нормативный - 16%), и только 3% автодорог области имеет уровень загрузки выше нормативного. То есть загрузка подавляющего большинства участков автодорог областного подчинения соответствует технической категории этих участков. При этом техническое состояние автодорог областного подчинения неудовлетворительное. По данным департамента дорожного хозяйства Ярославской области, на 01 января 2006 года из 6431 км дорог общего пользования 6382 км имеют неудовлетворительную прочность дорожных одежд, а 6133 км - неудовлетворительную прочность дорожных покрытий. Это результат многолетнего недоремонта дорожной сети. За период с 2000 по 2005 год построено 39 км автодорог и
9 мостов, отремонтировано и реконструировано 314 км автодорог и 19 мостов. Таких темпов строительства и реконструкции явно недостаточно, чтобы привести в удовлетворительное состояние дорожную сеть области. Доля расходов дорожного хозяйства области в общей сумме расходов областного бюджета за период с 2000 по 2005 год уменьшилась с 24,3% до 13,3%. Потребность в финансировании департамента дорожного хозяйства Ярославской области только на ликвидацию недоремонта в течение 3 лет составляет около 6 млрд. рублей в год.
Принципиального решения требует проблема обеспечения надёжной круглогодичной автодорожной связью сельских населённых пунктов, более половины которых не имеют в настоящее время дорог с твёрдым покрытием. Такое положение со временем приведёт к уменьшению количества сельских населённых пунктов, потере обрабатываемых земель и к "сжатию" экономически освоенной территории.
Большое значение для улучшения транспортных связей имеет осуществление инвестиционного проекта "Строительство наплавного автомобильного моста через р. Волгу в г. Мышкине Ярославской области".
Все мероприятия и предложения подпрограммы Федеральные автодороги, управления автомобильной магистрали Москва - Архангельск и Стратегии направлены на повышение эффективности работы автодорожной сети области и учтены в Схеме.
Немаловажное значение для развития транспортной инфраструктуры области имеет планируемое строительство нового, третьего автомобильного моста через р. Волгу в городе Ярославле и реконструкция дороги областного подчинения Николо-Корма - Глебово.
Внутренний водный транспорт области, начиная с 2000 года, не только ежегодно увеличивает объём перевезённых грузов, но и свою долю в перевозке грузов, отправленных областью. С 1995 года по 2004 год доля водного транспорта выросла с 9,8% до 16,9%. Река Волга является важнейшей артерией воднотранспортной системы европейской части России. В Рыбинском водохранилище берёт начало Волго-Балтийский канал. Через территорию области проходит основной водный маршрут евроазиатского коридора "Север - Юг" и ответвление от него на Москву. После открытия внутренних водных путей России для иностранных судов количество грузов и пассажиров, перевозимых водным транспортом, может существенно возрасти. Необходимо создать конкурентоспособные условия для прохождения судов и переработки грузов в портах области.
Подпрограммой "Внутренние водные пути" федеральной целевой программы "Модернизация транспортной системы России (2002-2010 годы)" выделены приоритетные объекты и предусмотрены мероприятия, необходимые для улучшения условий судоходства, повышения пропускной способности и эксплуатационной надёжности гидротехнических сооружений Волго-Балтийского водного пути.
Главными портами области являются города Ярославль, Рыбинск и Углич. Все три порта имеют современное погрузочно-разгрузочное оборудование и механизацию грузовых операций. Пассажирские перевозки осуществляются только Ярославским речным портом. За последние годы количество пассажиров, перевезённых внутренним водным транспортом, уменьшилось с 1,3 млн. человек в 2002 году до 0,4 млн. человек в 2005 году. По проектам специализированных организаций, порты Ярославской области планируют или уже осуществляют мероприятия по реконструкции и развитию водного транспорта. В Ярославском речном порту в 2006 году должны войти в строй очистные сооружения ливневых стоков Центрального грузового района. Порт имеет проектную документацию на замену судо-силовых установок с новыми двигателями внутреннего сгорания на буксирном флоте и на железобетонное покрытие площадей открытых складов площадью 8100 кв. м в Перевалочном грузовом районе. В 2005 году Угличский порт начал строительство стационарного причала на переправе в г. Мышкине (левый берег р. Волги) по проекту "Ленгипроречтранса".
Внутренние водные пути области имеют значительный потенциал. В 1990 году водным транспортом области было перевезено 15,7 млн. тонн грузов, что в два раза выше, чем в 2004 году. Поддержание в рабочем состоянии судоходных путей и объектов водного транспорта сделает водный транспорт более привлекательным для грузоотправителей.