3.1. С целью оптимизации вопросов сохранения природных комплексов, редких и ценных объектов растительного и животного мира, ведения устойчивого природопользования на территории заказника устанавливается дифференцированный режим охраны.
3.2. Территория заказника разделяется на две функциональные зоны:
- зона строгой охраны пойменных озер ("Давыдовская пойма");
- зона охраны ценных лесных массивов ("Давыдовский лесной массив").
3.3. Зона строгой охраны пойменных озер ("Давыдовская пойма") площадью 2700,6 га выделяется с целью обеспечения охраны и воспроизводства популяций русской выхухоли, сальвинии плавающей, других представителей растительного и животного мира, обитающих на этой территории или мигрирующих через нее, а также сохранения их местообитаний - пойменных экосистем р. Клязьмы, озер Войхра, Красное, Долгое, Светец, Тиновец, Верхняя Вышихра, Нижняя Вышихра, Витное и других озер Давыдовской поймы.
(в ред. постановления Правительства Владимирской области от 25.09.2023 N 697)
3.4. Зона охраны ценных лесных массивов ("Давыдовский лесной массив") площадью 1504,66 га выделяется с целью охраны лесных экосистем, редких и исчезающих видов растений и животных, обитающих на этом участке заказника или мигрирующих через него, а также с целью ограниченного ведения лесного и охотничьего хозяйства, организации экологического просвещения в формах, не нарушающих общего природоохранного режима заказника и способствующих минимизации негативного воздействия на экосистемы и биоразнообразие.
(в ред. постановления Правительства Владимирской области от 25.09.2023 N 697)
3.5. Границы зоны строгой охраны пойменных озер ("Давыдовская пойма").
Северная граница зоны строгой охраны пойменных озер начинается от юго-западного угла квартала 59 Пенкинского участкового лесничества Камешковского лесничества и проходит в восточном направлении вдоль южных границ кварталов 59, 63, 69 - 71, 67, 68 Пенкинского участкового лесничества до юго-восточного угла квартала 68. Далее граница поворачивает на север и следует вдоль восточной границы квартала 68 до северо-западного угла квартала 79 Второвского участкового лесничества (урочище "Большевик"). Затем граница зоны продолжается в восточном и юго-восточном направлении вдоль северной и восточной границ квартала 79 до точки пересечения с протокой, соединяющей оз. Рассоха с оз. Войхра. По этой протоке граница проходит до оз. Рассоха, после чего продолжается по северному берегу оз. Рассоха и по северной границе расположенных на этом берегу выделов квартала 81 Второвского участкового лесничества. От восточной оконечности оз. Рассоха граница зоны выходит к северо-восточному углу квартала 81.
Восточная и южная границы зоны совпадают соответственно с восточной и южной границами заказника.
Западная граница зоны проходит в северном направлении от левого берега р. Клязьмы в точке пересечения административной границы Камешковского района и муниципального образования г. Владимир с р. Клязьмой вдоль этой границы до юго-западного угла квартала 59 Пенкинского участкового лесничества в точке начала описания границы зоны.
3.6. Границы зоны охраны ценных лесных массивов ("Давыдовский лесной массив").
Северная граница зоны охраны ценных лесных массивов начинается от северо-западного угла квартала 59 Пенкинского участкового лесничества Камешковского лесничества и проходит в восточном направлении по северной границе кварталов 59 и 60, огибая с юга д. Грезино и прилегающие к ней садовые участки. Далее граница поворачивает на северо-восток и проходит по западной границе квартала 58, после чего продолжается в восточном направлении вдоль северных границ кварталов 58, 62 Пенкинского участкового лесничества. От северо-восточного угла квартала 62 граница поворачивает на юг и проходит по восточной границе квартала 62 до юго-восточного угла этого квартала. Далее граница следует в восточном направлении вдоль северных границ кварталов 65 - 68 Пенкинского участкового лесничества до северо-восточного угла квартала 68.