Оценка эффективности реализации направления подпрограммы обеспечивается достижением предупреждения заболеваемости особо опасными инфекциями, снижением заболеваемости природно-очаговыми инфекциями до спорадических случаев, стабилизацией заболеваемости крымской геморрагической лихорадкой на уровне, не превышающем показателя заболеваемости 2008 года (1,9 случая на 100 тыс. населения - пик заболеваемости за весь период наблюдения).
Предполагается, что общий экономический эффект от реализации мероприятий направления подпрограммы будет достигнут за счет предупреждения и снижения заболеваемости, инвалидности и смертности населения при инфекционных заболеваниях.
Социальная эффективность реализации мероприятий направления подпрограммы будет выражена в снижении уровня заболеваемости населения инфекциями, социальной и психологической напряженности в обществе вследствие угрозы распространения инфекционных заболеваний.