Особенность ситуации с Калининградской областью для России в предшествующие пятнадцать лет определяется эксклавным положением региона, а именно тем, что он фактически оказался внутри территории, являющейся зоной расширения НАТО и ЕС на постсоветском пространстве. Российский эксклав превращался в анклав НАТО и ЕС.
Ситуация с Калининградской областью становилась проблемной главным образом в силу того, что ее территориальное обособление почти неизбежно влекло за собой ряд транзакционных издержек для экономики региона и системы государственного управления. К числу наиболее значимых последствий расширения НАТО и ЕС на Балтике для России и Калининградской области относились следующие:
Снижение военной безопасности Российской Федерации в регионе.
Ухудшение транспортной связности основной территории Российской Федерации и Калининградской области в связи с удорожанием грузового транзита, усложнением процедур оформления грузов, ужесточением правил поездок калининградцев в соседние страны и в основную часть России в связи с введением в странах Балтии визового режима.
Снижение энергетической безопасности области в силу ее большой зависимости от внешних поставок электроэнергии и топлива (в начале 2000-х годов 95% потребности области в электроэнергии покрывалось за счет поставок из Литвы и транзита из России через Литву и Белоруссию). При этом существующая газотранспортная система имеет технические ограничения по объемам поставок газа в Калининградскую область транзитом через Литву и Беларусь.
Разрыв традиционных экономических связей между областью и постсоветскими территориями в силу роста торгово-таможенных барьеров.
Рост различий в уровне развития и качестве жизни между Калининградской областью и сопредельными территориями вследствие их включения в Европейский Союз (далее по тексту - ЕС). Сегодня по среднедушевой величине валового продукта область наполовину отстает от вступивших в ЕС соседей - трех балтийских государств и Польши и в 6-7 раз - от развитых стран ЕС.
НАТО и ЕС также рассматривали Калининградскую область как проблему. Область выступала в качестве фактора, способного существенным образом осложнить для этих структур "расширение на Восток" и создать военно-политическое и торгово-экономическое напряжение в отношениях с Российской Федерацией. В результате предполагавшегося быстрого социально-экономического роста в странах - новых членах ЕС возникала угроза слишком сильного разрыва в уровне доходов населения анклава и приграничных территорий ЕС, что означало высокий риск возникновения неконтролируемой миграции из Калининградской области, формирования в регионе зоны так называемой "интернированной деятельности", ухудшения экологии и повышения риска техногенных аварий.
Руководство Российской Федерации и Европейского Союза отчетливо фиксировали обозначенные транзакционные издержки и проблемы. Именно на актуализации данных опасений и возможных негативных последствий строилась фактическая стратегия социально-экономического развития Калининградской области. Эта стратегия может быть обозначена как стратегия "исключительности".
Реагируя на проблемы, связанные с превращением Калининградской области в анклав, в начале 90-х годов Правительство РФ предприняло ряд мер, облегчающих внешнеэкономические связи области с зарубежными странами, а также создающих ряд стимулов для развития экономики области. Комплекс данных мер был институционализирован за счет придания области статуса особой экономической зоны, совпадающей по своим границам со всем регионом в целом.
В сентябре 1991 года было подписано Постановление Правительства РФ о создании свободной экономической зоны "Янтарь" в Калининградской области. В конце 1995 года был принят закон об Особой экономической зоне, определивший статус региона. 7 декабря 2001 года Правительство РФ утвердило Федеральную целевую программу развития Калининградской области на период до 2010 года. Программа предусматривала создание в области условий для "устойчивого социально-экономического развития на основе расширения экспортно-ориентированных производств, достижение уровня жизни, сопоставимого с уровнем жизни сопредельных государств".