1. Секретариат Губернатора Калининградской области
2. Секретариат вице-премьера Правительства Калининградской области (реальный сектор)
3. Секретариат вице-премьера Правительства Калининградской области (социальный сектор)
4. Секретариат руководителя Аппарата Правительства Калининградской области
5. Управление советников Губернатора Калининградской области
6. Контрольно-оперативное управление Правительства Калининградской области
7. Управление по взаимодействию с правоохранительными органами Правительства Калининградской области
8. Управление по международным связям Правительства Калининградской области
9. Управление по правовому обеспечению законотворческой деятельности и связям с областной Думой Правительства Калининградской области
10. Административное управление Правительства Калининградской области
11. Пресс-служба (отдел) Правительства Калининградской области
12. Отдел хозяйственного обеспечения Правительства Калининградской области
13. Отдел кадров (государственной службы) Правительства Калининградской области
14. Отдел помилования Правительства Калининградской области
15. Отдел информационного обеспечения Правительства Калининградской области
16. Отдел бухгалтерского учета и отчетности Правительства Калининградской области
17. Отдел протокола Правительства Калининградской области
18. Отдел по мобилизационной подготовке Правительства Калининградской области
19. Отдел спецсвязи Правительства Калининградской области