Финансирование деятельности Комиссии осуществляется за счет бюджета Калининградской области в порядке, утверждаемом администрацией Калининградской области, с частичным возмещением расходов областного бюджета за счет отчислений энергоснабжающих организаций, включаемых в структуру цен (тарифов) на электрическую, тепловую энергию и газ.