Использование средств внебюджетных фондов осуществляется в соответствии с утвержденным бюджетом этих фондов. По представлению администрации области проект бюджета областного внебюджетного фонда рассматривается и утверждается Калининградской областной Думой до начала нового финансового года.
Средства территориальных (федеральных) внебюджетных фондов по соглашению между уполномоченными органами Российской Федерации и Калининградской области могут использоваться на финансирование программ и мероприятий, проводимых в Калининградской области, с соблюдением целевого характера этих средств.
Средства внебюджетных фондов находятся на специальных счетах, открываемых органами управления внебюджетными фондами, изъятию не подлежат и расходуются в строгом соответствии с целевым назначением и утвержденным бюджетом фонда. Учет и хранение ценных бумаг, приобретенных внебюджетными фондами, осуществляются в соответствии с действующим законодательством.