Контроль за исполнением Программы в части обеспечения целевого использования бюджетных средств, выполнения заданий по предоставлению государственных услуг осуществляет агентство главного распорядителя средств бюджета Калининградской области.
Общий контроль и координацию деятельности по исполнению Программы осуществляет министерство социальной политики и труда Калининградской области в установленном порядке.