Контроль за исполнением Программы в части обеспечения целевого использования бюджетных средств, выполнения заданий по предоставлению государственных услуг осуществляет агентство главного распорядителя средств бюджета Калининградской области.
Кроме того, исполнители Программы ежегодно представляют обобщенные отчеты о ходе работы по Программе в областную межведомственную комиссию по противодействию злоупотреблению наркотическими средствами и их незаконному обороту.