Основными функциями секретариата являются:
1) Выработка предложений по планированию рабочего времени вице-губернатора области - руководителя администрации Особой экономической зоны, организация обеспечения проводимых мероприятий и внесение их в месячные, недельные и суточные графики его работы.
2) Предварительное ознакомление с корреспонденцией, поступающей в адрес вице-губернатора области - руководителя администрации Особой экономической зоны, определение степени срочности ее исполнения, выработка предложений по реализации указаний и распоряжений федеральных органов государственной власти, докладов и обращений.
3) Обеспечение сохранности служебной тайны при обработке документов на стадии принятия решения по ним вице-губернатором области руководителем администрации Особой экономической зоны.
4) Обмен информацией с управлением делами администрации области по регистрационному учету входящих и исходящих документов, обеспечение соблюдения установленного порядка их прохождения.
5) Совместно с управлением делами администрации области организация своевременного доведения решений (поручений) вице - губернатора области - руководителя администрации Особой экономической зоны до заместителей главы администрации области, руководителей структурных подразделений администрации Особой экономической зоны и других исполнителей.
6) Во взаимодействии с Главным контрольным управлением администрации области осуществление контроля исполнения поручений вице-губернатора области - руководителя администрации Особой экономической зоны исполнителями.
7) Обеспечение взаимодействия вице-губернатора области руководителя администрации Особой экономической зоны с Администрацией Президента Российской Федерации и Правительством Российской Федерации, палатами Федерального Собрания Российской Федерации, федеральными и их территориальными органами государственной власти, органами местного самоуправления.
8) Обеспечение взаимодействия с Главным управлением оперативного обеспечения деятельности главы администрации (губернатора) области с целью координации работы вице-губернатора области - руководителя администрации Особой экономической зоны по мероприятиям, проводимым с участием главы администрации (губернатора) области.
9) Координация организационного обеспечения приемов вице-губернатором области - руководителем администрации Особой экономической зоны руководителей и представителей федеральных органов государственной власти, иностранных делегаций, встреч, совещаний с ними, а также приема посетителей.
10) Организация сбора информационных материалов (докладов, справок), необходимых для осуществления деятельности вице-губернатора области - руководителя администрации Особой экономической зоны.
11) Организационное обеспечение командировок вице-губернатора области - руководителя администрации Особой экономической зоны.