Перечень подпрограмм определен для достижения целей и задач, определенных основополагающими документами в части развития агропромышленного комплекса, а именно: увеличение объемов производства сельскохозяйственной продукции и достижение показателей Стратегии социально-экономического развития Воронежской области до 2020 года.
Структура и перечень подпрограмм, а также включенных в региональную программу областных целевых программ соответствует принципам программно-целевого управления экономикой, охватывает все основные сферы агропромышленного производства: производство сельскохозяйственной продукции и пищевых продуктов, их реализацию, технико-технологическое, информационное и научное обеспечение, институциональные преобразования и социальное развитие сельских территорий, управление реализацией региональной программы.
Состав подпрограмм и областных целевых программ рассчитан на комплексное развитие агропромышленного комплекса и его основных сфер, получение высокого синергетического эффекта в целом по экономике региона.