К основным рискам реализации подпрограммы относятся следующие:
природно-климатические риски, обусловленные тем, что колебания погодных условий оказывают серьезное влияние на урожайность сельскохозяйственных культур, объемы их производства, что может значительно повлиять на степень достижения прогнозируемых показателей. Зависимость функционирования отрасли от природно-климатических условий также снижает ее инвестиционную привлекательность. Для снижения рисков от природно-климатических условий необходим переход к новым технологиям, техническая модернизация, мелиорация земель в засушливых зонах, принятие дополнительных мер поддержки в особо неблагоприятные по природно-климатическим условиям годы;
макроэкономические риски, обусловленные неблагоприятной конъюнктурой мировых цен на отдельные товары российского экспорта и снижением возможности достижения целей по развитию подотрасли растениеводства, а также снижением темпов роста экономики и уровня инвестиционной активности, которые не позволят интенсифицировать развитие отраслей растениеводства и переработки, усилят зависимость их развития от государственных инвестиций. В результате негативных макроэкономических процессов может снизиться спрос на продукцию растениеводства и продуктов их переработки, в том числе за счет сокращения реальных доходов населения;
международные торгово-политические риски, обусловленные функционированием аграрного сектора в соотношении с ситуацией на международных рынках и деятельностью экспортеров отдельных видов продукции растениеводства и перерабатывающих отраслей, существенным возрастанием конкуренции в результате вступления России во Всемирную торговую организацию.