Общее руководство и контроль за ходом реализации Программы осуществляет координатор Программы - главное управление по развитию предпринимательства и потребительского рынка. Оперативное управление проводится в соответствии с разработанным планом мероприятий по выполнению Программы, определяющим сроки и конкретных исполнителей мероприятий.
Основные направления в организации управления и контроля за реализацией Программы следующие:
- организация заказчиком Программы отбора исполнителей работ (услуг) на конкурсной основе по выполнению мероприятий Программы в соответствии с требованиями действующих нормативных правовых актов; дальнейшая реализация данных мероприятий на основе договоров заказчика мероприятий с исполнителями работ (услуг), заключаемых в установленном порядке и определяющих права и обязанности сторон, а также регулирующих иные отношения;
- осуществление межведомственной координации работ по выполнению программных мероприятий развития и государственной поддержки малого предпринимательства в области;
- проведение мониторинга реализации мероприятий Программы и представление информации в областную Думу и главное управление экономического развития администрации области о ходе выполнения Программы до 20 числа месяца, следующего за отчетным кварталом;
- организация деятельности Координационного Совета по малому предпринимательству при главе администрации Воронежской области, Межведомственной комиссии по преодолению административных барьеров при развитии предпринимательства с целью выработки согласованных решений совершенствования государственной политики в сфере малого бизнеса и повышения эффективности управления Программой;
-проведение финансового контроля за целевым использованием бюджетных средств в соответствии с федеральным законодательством и законодательством Воронежской области, включающего проверки:
- Управления Федерального казначейства по Воронежской области;
- главного финансового управления администрации Воронежской области;
- Контрольно-ревизионного управления Министерства финансов Российской Федерации по Воронежской области;
- Контрольно-счетной палаты Воронежской области.