Целью подпрограммы является сохранение и улучшение экологического и санитарно-эпидемиологического состояния Воронежского водохранилища с учетом его водохозяйственного, рекреационного и рыбохозяйственного значения.
Одной из мер предотвращения загрязнения и снижения негативной нагрузки на водоем является установление границ водоохраной зоны и прибрежной защитной полосы водохранилища и проведение санитарных мероприятий на береговой территории.
В результате проведения намечаемых мероприятий подпрограммы значительно снизится влияние хозяйственной деятельности человека на водный объект, повысится качество питьевой воды на водозаборах г. Воронежа, обеспечится сохранение биологических ресурсов, информированность органов власти и населения об экологическом состоянии водохранилища, оптимизируются планы экологического и социального развития.