В процессе реализации программы могут возникнуть обстоятельства, которые отрицательно повлияют на ход реализации проекта.
Так как рельеф территории Воронежской области неоднороден, основную часть составляет приподнятая равнина (Среднерусская возвышенность), сильно расчлененная глубокими речными долинами, балками, оврагами, что определяет преобладание долинно-балочного и овражно-балочного типов рельефа с интенсивным смывом и размывом почв. Поэтому летние осадки, которые носят ливневый характер и сопровождаются иногда градом, способствуют смыву и размыву почв.
Климат Воронежской области характеризуется неравномерным распределением осадков в течение года и по годам, наличием выраженных засушливо-суховейных периодов. Повторяемость длительных засух на территории Воронежской области - один раз в три года. В эти периоды почва уплотняется, а среднегодовой сток с уплотненной пашни - 60 - 70 мм.
На показатели эффективности программы влияют цены реализации на минеральные удобрения, агрохиммелиоранты, горюче-смазочные материалы. С ростом цен на эти материалы эффективность проекта снижается. За последние годы внесение минеральных удобрений сократилось в 4 раза, органических - в 2 раза, не ведется фосфоритование почв, недостаточно ведется мелиорация почв. Недостаточное внесение удобрений привело к снижению главных показателей плодородия почв - гумуса. Большая часть урожая формируется за счет мобилизации почвенного плодородия, без компенсации выносимых с урожаем элементов питания, что приводит к отрицательному балансу питательных веществ по N PK - до 89 кг на гектар, кальция - до 174 кг на гектар.