1. Инфраструктурные ограничения экономического роста: недостаточное развитие инженерной, производственной (особенно водоснабжения и газификации), транспортной, социальной инфраструктуры.
2. Неудовлетворительная демографическая ситуация.
3. Высокая степень износа основных фондов.
4. Недостаточный уровень интеграции экономики Курганской области в международные, межрегиональные экономические отношения.
5. Недостаточный уровень диверсификации.
Отсутствие эффективных связей между наукой и производством не позволяет организациям эффективно конкурировать в высокотехнологичных отраслях. Использование научных достижений в производстве остается на низком уровне.
6. Негативное влияние вступления России во Всемирную торговую организацию (ВТО) на реализацию продукции организаций промышленности и агропромышленного комплекса.
7. Высокая доля неиспользуемой пашни в общей площади земель сельскохозяйственного назначения.