Общая протяженность границ муниципального образования - 59.24 км. Границы муниципального образования Субботинского сельсовета на разных участках совпадают с участками границ муниципальных образований: Надеждинского, Сулеймановского, Сулюклинского, Яланского сельсоветов и Альменевского района.