Источниками финансирования Программы являются областной бюджет, федеральный бюджет (по согласованию) и местные бюджеты (по согласованию). Объем финансирования Программы за счет средств областного бюджета ежегодно уточняется в соответствии с законом Курганской области об областном бюджете на соответствующий финансовый год.
Финансирование мероприятий Программы из областного бюджета в пределах средств, предусмотренных законом Курганской области об областном бюджете на очередной финансовый год и плановый период, обеспечивает участие Курганской области в конкурсах по поддержке малого и среднего предпринимательства и возможность привлечения средств федерального бюджета на условиях софинансирования.