Финансирование Программы осуществляется в соответствии с действующим законодательством за счет средств областного бюджета, местного бюджета города Кургана (по согласованию) и средств Фонда (по согласованию).
Софинансирование Программы Фондом осуществляется на основании заключенного соглашения между Правительством Курганской области, Государственным бюджетным учреждением "Курганская областная детская больница имени Красного Креста", являющегося грантополучателем средств Фонда, и Фондом.
Объемы финансирования Программы ежегодно утверждаются законом Курганской области об областном бюджете на соответствующий финансовый год и на плановый период.