Финансирование мероприятий Программы планируется осуществлять за счёт средств областного бюджета с привлечением средств федерального и местных бюджетов (по согласованию).
Финансирование программных мероприятий из областного бюджета будет осуществляться в пределах средств, предусмотренных законом Курганской области об областном бюджете на соответствующий финансовый год и плановый период.
Привлечение средств федерального бюджета для финансирования мероприятий Программы планируется путём подготовки и направления Департаментом природных ресурсов и охраны окружающей среды Курганской области в Федеральное агентство водных ресурсов документов, необходимых для предоставления из федерального бюджета субсидий бюджетам субъектов Российской Федерации на осуществление капитального ремонта гидротехнических сооружений, находящихся в собственности субъектов Российской Федерации, муниципальной собственности, и бесхозяйных гидротехнических сооружений.
Привлечение средств местных бюджетов планируется путём участия муниципальных образований Курганской области в реализации Программы (по согласованию).