Финансирование мероприятий Программы планируется осуществлять за счет средств областного бюджета с привлечением средств федерального бюджета (по согласованию).
Финансирование программных мероприятий из областного бюджета будет осуществляться в пределах бюджетных ассигнований, предусмотренных законом Курганской области об областном бюджете на соответствующий финансовый год и на плановый период.
Привлечение средств федерального бюджета для финансирования мероприятий Программы планируется путем подготовки и направления Департаментом природных ресурсов и охраны окружающей среды Курганской области в Федеральное агентство водных ресурсов документов, необходимых для предоставления из федерального бюджета субвенций бюджету Курганской области на осуществление отдельных полномочий в области водных отношений.