Основными задачами Главного управления являются:
2.1. разработка в пределах своей компетенции основ региональной политики в области здравоохранения; реализация федеральных, разработка и реализация региональных целевых программ по развитию здравоохранения в автономном округе, профилактике заболеваний, оказанию медицинской помощи, обеспечению населения автономного округа лекарственными средствами, медицинской техникой и изделиями медицинского назначения;
2.2. организация оказания медицинской помощи населению автономного округа;
2.3. контроль за качеством предоставляемой населению автономного округа медицинской помощи, медицинской и фармацевтической продукции;
2.4. организация подготовки медицинских кадров для учреждений здравоохранения автономного округа;
2.5. обеспечение исполнения нормативных правовых актов Российской Федерации и Чукотского автономного округа в области государственной политики в сфере охраны здоровья населения автономного округа;
2.6. организация лицензирования, аккредитации и сертификации медицинской и фармацевтической деятельности на территории автономного округа;
2.7. внедрение нормативов и стандартов в области здравоохранения и контроль за их соблюдением на территории автономного округа;
2.8. внедрение систем обязательного и добровольного медицинского страхования граждан, разработка предложений по их совершенствованию и использованию иных источников финансирования здравоохранения;
2.9. разработка и организация выполнения мероприятий, направленных на обеспечение охраны здоровья ребенка, матери и отца;
2.10. разработка и организация выполнения мероприятий по профилактике инвалидности и медицинской реабилитации инвалидов;
2.11. участие совместно с органами государственной санитарно - эпидемиологической службы автономного округа в обеспечении социально - гигиенического и эпидемиологического благополучия населения;
2.12. координация и контроль за деятельностью фармацевтических организаций, расположенных на территории Чукотского автономного округа независимо от правого статуса, форм собственности и ведомственной принадлежности;
2.13. осуществление контроля за качеством лекарственных средств, изделий медицинского назначения и другой продукции, реализуемой через фармацевтические организации;
2.14. оказание консультационной помощи учреждениям и предприятиям, занимающимся фармацевтической деятельностью;
2.15. осуществление сбора, обработки, анализа статистической информации в области фармацевтической деятельности;
2.16. организация обеспечения населения и лечебно-профилактических учреждений автономного округа лекарственными средствами, медицинской техникой и изделиями медицинского назначения;
2.17. участие в пределах своей компетенции в работе по осуществлению международных связей Чукотского автономного округа в области здравоохранения;
2.18. создание и обеспечение работы функционального звена службы медицины катастроф окружной подсистемы предупреждения и действий в чрезвычайных ситуациях, осуществление руководства ее деятельностью совместно с окружным штабом по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.