Организация реализации Программы возлагается на Департамент социальной политики Чукотского автономного округа - государственного исполнителя программы, на разработчика программы - Комитет по охране окружающей природной среды Департамента социальной политики Чукотского автономного округа. Координационная и методическая помощь на Управление природных ресурсов и охраны окружающей среды Минприроды России по Чукотскому автономному округу.
Мероприятия и проекты, реализуемые в рамках Программы должны пройти экологическую экспертизу в соответствии с Федеральным законом "Об экологической экспертизе".
Отбор проектов осуществляется государственным заказчиком подпрограмм по согласованию с Минэкономразвития и торговли РФ. Отбор исполнителей подпрограммных мероприятий, реализуемых за счет бюджетных ассигнований, осуществляется в соответствии с Положением о закупках и поставках товаров, выполнении работ, оказание услуг для государственных нужд Чукотского автономного округа, утвержденным постановлением Правительства Чукотского автономного округа от 25.04.2003 N 95 - у единственного источника.
Реализация программных мероприятий осуществляется на основе государственных договоров, заключаемых государственным заказчиком Программы с подрядчиками.