Организация управления реализацией Программы и контроль за ходом ее выполнения возлагается на Комитет по охране окружающей природной среды Департамента социальной политики Чукотского автономного округа.
Контроль за ходом выполнения программы осуществляется в соответствии с постановлением Администрации Чукотского автономного округа от 12.02.1998 N 29 "Об утверждении Положения о разработке и реализации региональных целевых программ в Чукотском автономном округе" Департаментом социальной политики Чукотского автономного округа, Департаментом финансов, экономики и имущественных отношений Чукотского автономного округа.