Экологическая ситуация в Иркутской области остается сложной в связи с высоким загрязнением воздушного бассейна городов и водных объектов. В перечень городов Российской Федерации с очень высоким уровнем загрязнения воздуха регулярно входят: города Братск, Зима, Иркутск; с высоким уровнем загрязнения: города Шелехов, Усолье-Сибирское, Ангарск, Черемхово. Суммарный объем выбросов от стационарных источников в 2009 году составил 560,3 тыс. тонн в год, что составляет 2,6% от общего валового выброса стационарных источников по Российской Федерации. По объему выбросов в атмосферу Иркутская область занимает 3-е место в Сибирском федеральном округе после Красноярского края и Кемеровской области.
По общему объему сточных вод, поступивших в водные объекты, Иркутская область занимает 3-е место по Сибирскому федеральному округу после Красноярского края и Кемеровской области (2% от суммарного значения показателя для Российской Федерации), а по объему загрязненных сточных вод - 1-е место по Сибирскому федеральному округу (4,2% от всего объема сбросов по Российской Федерации).
В Иркутском водохранилище вода реки Ангары характеризуется I классом и оценивается как "условно чистая", в Братском водохранилище (после сбросов городов Усолье-Сибирского и Свирска) - III классом - "загрязненная", в заливе реки Вихоревой Усть-Илимского водохранилища - IV классом - "грязная". Строительство Богучанской гидроэлектростанции и заполнение водохранилища приведет к перестройке экосистемы реки Ангары. При реализации проекта с нормальным подпорным уровнем 208 м в нижнем бьефе Усть-Илимской гидроэлектростанции не будет проточного участка, что значительно снизит способность реки к самоочищению.
Основные проблемы охраны окружающей среды:
1. Высокий уровень воздействия на окружающую среду.
В Иркутской области находится большое количество промышленных объектов с высоким уровнем выбросов, низкой эффективностью очистных сооружений, не отвечающих международным стандартам.
Напряженность экологической обстановки в Иркутской области создают накопленные и образующиеся в настоящее время отходы производства и потребления, представляющие опасность для населения и окружающей среды. Пренебрежение экологическим фактором в ближайшие годы может оказать негативное воздействие на инвестиционную привлекательность экономики Иркутской области.
2. Угрозы сокращения биоразнообразия в Иркутской области.
Высокий уровень воздействия на окружающую среду негативно сказывается на фауне Иркутской области.
3. Низкий уровень информационно-методического обеспечения.